鎌倉幕府の勢力圏は当初東国に限られ、朝廷の勢力圏である西国まで及んでいなかったが、承久3年（1221年）の承久の乱の勝利によって幕府が優勢となり、朝廷の監視や皇位継承者の決定への参与、西国への進出により支配権を広めていく。朝廷（公家政権）はその後も存続してはおり、時には幕府（武家政権）と共同で政治問題の解決にあたったが、徐々に政治・統治能力を失っていくこととなった。
鎌倉時代の貴族の主要な収入源は、平安末期と同様、荘園所領及び知行国であった。しかし、この時代は武士である地頭が、その武力を背景として貴族の荘園所領を侵食していった。室町時代に入ると、守護に強力な権限が与えられたため、地頭に代わって守護による荘園侵食が著しくなった。こうして貴族による荘園・公領支配は次第に失われていき、室町中期の15世紀後半までに荘園公領制はほとんど崩壊してしまった。貴族は中央（京）に在住し、地方の荘園・公領からの収入が京進されるのを待つのが室町初期までの通例だったが、それ以降は代官を直接荘園に派遣したり（請負代官制）、さらに自ら直接荘園に下向して支配に当たる例すらあった。
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また、京都に基盤を置く室町幕府の開始とともに、公家政権の機能も幕府へと移っていく、足利義満執政期に公家政権は政権としての機能をほぼ失った。政治権力も経済基盤も失った貴族階層は、消滅するには至らなかったものの、室町中期から戦国時代にかけて特に困窮を極めた。
近世においては、江戸幕府の成立以降、戦国時代にほぼ無秩序化した身分階級の再構築が図られた。貴族階層に対しては、幕府から禁中並公家諸法度が制定され、公家社会は幕府の統制を受けるようになった。公家社会では、鎌倉時代以来、家格が定まっていったが、江戸時代になると鎌倉時代以来の公卿を旧家、安土桃山時代以降に成立した公卿を新家とし、公家家格の再編成が行なわれた。