カビの中で、麹を作る際に用いられる菌が麹菌である。ニホンコウジカビ（Aspergillus oryzae）および、ショウユコウジカビ（Aspergillus sojae）は、ともに醤油醸造に用いられているが、分類学的にはそれぞれAspergillus flavusとAspergillus parasiticusと分類される。 Aspergillus flavus, Aspergillus parasiticusともに猛毒アフラトキシンを生産する、有毒なカビとして知られるが、産業的に用いられているAspergillus oryzaeおよびAspergillus sojaeは、醸造工程中でアフラトキシンを生産することはない。 下の研究の結果、麹菌のアフラトキシン生合成経路は機能していないことが明らかとなった。 麹菌のアフラトキシン生合成能は、天然の麹菌から良質の麹菌株を得た時、もとからアフラトキシン生合成能を持たない株を選抜したか、数百年にわたる選抜および育種の結果、アフラトキシン生産能が欠けてしまったものと考えられる。
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仕込中期にアルコール発酵を行う酵母を「主発酵酵母」と呼ぶ。過去、主発酵酵母は耐塩性のSaccharomyces属と分類されていたが、現在はZygosaccharomyces rouxiiと分類されている。古くなった醤油に生える白いカビも同種のもの。また、仕込後期に穏やかに香気成分を生産する酵母を「後熟酵母」と呼ぶ。Candida versatilis等、主にCandida属酵母である。